El tercer nivel, la bóveda, eleva la mirada hacia la gloria celestial. Inspirado en el Apocalipsis de San Juan, Palomino representó la Jerusalén Celestial, con Dios Padre en el centro, rodeado de coros de ángeles y santos, presidido por San Vicente Ferrer, el “ángel del Apocalipsis”. En el extremo opuesto, el arcángel San Miguel libra su batalla contra el dragón infernal, mientras la luz y el color envuelven al visitante en una visión de trascendencia.
El conjunto culminaba en el ábside, hoy desaparecido, donde se representaban el Espíritu Santo, el Cordero Místico y los dos patronos del templo, completando el mensaje de la Trinidad y la Redención.